Los ríos son los elementos más vivos y variables del ecosistema. Conducen el agua de lluvia, se amoldan y modifican el relieve, forman riberas de gran productividad y diversidad, amenizan los paisajes y suministran agua y riqueza a numerosos seres vivos y, en especial, al hombre, que ha aprovechado sus múltiples recursos desde siempre. El Najerilla es uno de los afluentes del Ebro más importante por su caudal, regularidad y frescura en sus aguas.
Nace a 1640 m. y en su tramo superior es un río encajado de suave pendiente que recibe aguas de la vertiente sur de la Sierra de La Demanda y la norte de la Sierra de Urbión. Hasta Anguiano es un río de montañaa de valle muy profundo, que discurre entre carrascales montanos y algunas manchas con hayas y robles. Nada más salir a la Depresión del Ebro recibe los ríos Tobía y Cárdenas, que transportan aguas desde la Sierra de San Lorenzo, poblada de hayedos. Desemboca en el Ebro a 420 m. de altitud, tras haber recorrido aproximadamente 70 km.
La presencia del Embalse de Mansilla modifica en gran medida el régimen natural de sus aguas. El Najerilla recibe importantes aportaciones, fuera ya de la zona serrana, de algunos afluentes como el Tobía o el Cardenas, que no están regulados por el Embalse de MansiIla. Aguas abajo de este embalse. En su tramo bajo las afecciones medioambientales principales son las derivadas de la detracción de agua para riegos, contaminación urbana y agropecuaria, dragados y encauzamientos de su cauce y sustitución de la vegetación de sus riberas por cultivos de producción de chopos.
La vegetación ripicola de los cursos alto y medio, este último totalmente encajado en el relieve montañoso del río Najerilla esta formada por las denominadas riberas de montaña, con una gran abundancia de fresnos (Fraxinus angustifolia), al que acompañan tanto especies típicamente ribereñas (Populus nigra, Salix atrocinerea, Salix fragilis, Salix eleagnos, etc), como otras propias de los bosques mixtos de frondosas, tan frecuentes en toda la cuenca montañosa (avellanos, arces, tilos, olmos de montaña, etc), a las que se une en los tramos altos el Álamo temblón. En Anguiano se produce la apertura del cauce hacia el Valle del Ebro, originándose unas condiciones naturales aptas para formaciones tipo alameda-aliseda, aunque el aliso como especie diferenciadora no lo hemos encontrado hasta aguas abajo de Najera. Es por ello que se han diferenciado dos tramos, de forma semejante a las cuencas del Tirón y Oja. Desde Anguiano hasta Najera, aproximadamente, se ha definido el tramo como alameda de álamo negro, dentro de un valle relativamente estrecho, y que establece la transición entre las riberas de montaña y la alameda-aliseda de los tramos bajos, en donde las especies dominantes son Populus nigra y Salix alba, a las que se añaden especies arbustivas de sauces (Salís purpurea, Salix fragilis, etc.). Aguas abajo de Najera puede definirse ya una alameda aliseda, formada por aliso, álamo negro, sauce blanco, fresno, sauces arbustivos, etc, hasta su llegada al río Ebro.
La fauna de estos ríos de media montaña es muy rica y en ellos moran multitud de insectos.
Forman parte de la dieta habitual de los peces:Son los canutillos, gusarapas, cachipollas, etc. del fondo del río, y las moscas de las piedras, efímeras, libélulas, etc. de sus orillas.
También viven caracolillos, mejillones, gusanos y crustáceos de agua dulce, siendo el cangrejo de río el más apreciado de todos. En La Rioja existen dos especies: el cangrejo autóctono, que hoy está en peligro de extinción y vive acantonado en arroyos de cabecera, y el cangrejo rojo, que fue introducido.
Los peces de agua dulce son una pieza fundamental del ecosistema fluvial y ostentan la posición de macroconsumidores del resto de las especies.
trucha común, el pez que más sube en altitud (1.800 m), y el piscardo o negrillo
En el resto de los ríos y tramos de aguas menos oxigenadas y constantes
El pez fraile o blenio de río es otra especie en horas bajas. Habitual hace años de las aguas del Ebro y de las desembocaduras de sus afluentes, hoy sobrevive en algunos tramos del primero, en el Canal de Lodosa, algunas balsas de riego de La Rioja Baja y los ríos Tirón y Najerilla. Su aspecto es el de un pequeño pez prehistórico de poderosa dentadura, y tiene la particularidad de ser la única especie de nuestra fauna piscícola que cuida y defiende su puesta.
También el gobio en algunos tramos.
Las culebras de agua son inofensivas para el hombre, pero no así para los peces, sapos y ranas de los que se alimentan. En los cursos fluviales de La Rioja están presentes la culebra viperina y la culebra de collar.
Además los sotos y riberas aportan muy variadas posibilidades de nidificación. En las cascajeras camuflan sus huevos el pequeño chorlitejo y el andarríos chico. Las grietas y agujeros cercanos al agua esconden las nidadas de las lavanderas y el mirlo acuático, que sólo escoge ríos de aguas puras. En las orillas de bordes verticales horadan pequeños túneles el martín pescador y el avión zapador, una pequeña golondrina de hábitos coloniales. Las ramas de los árboles de ribera soportan tanto los desordenados nidos del milano negro, como los delicados cosidos del pájaro moscón y la oropéndola. Los agujeros redondeados de los troncos delatan la presencia del vocinglero pito real y de su pariente el pico menor, que es el pájaro carpintero más pequeño, frecuente en los viejos sotos y arboledas del Ebro y sus afluentes. Esos mismos agujeros servirán para que el autillo, una diminuta rapaz nocturna, saque adelante su pollada.
En las frías y cristalinas aguas de los ríos y arroyos de la Sierra, vive una de las joyas de la fauna peninsular, el desmán ibérico; es un insectívoro de no más de 30 centímetros de largo entre su pequeña trompa y la punta de su cola, que bucea perfectamente por aguas turbulentas con ayuda de sus pies provistos de membranas.
El musgaño de Cabrera y el murciélago ribereño, que captura sus presas volando a ras de agua, son dos minúsculos insectívoros. La rata de agua es herbívora y habita en los cursos permanentes.
La nutria los prefiere caudalosos como el Ebro, pero durante muchos años ha vivido arrinconada en los tramos medios y altos de sus afluentes, allí donde la civilización no se ha mostrado todavía con toda su dureza. Esa misma dureza es la que ha hecho desaparecer al visón europeo de sus áreas de cría habituales, para luego expandirse hacia el Sur, de tal manera que ha empezado a colonizar las riberas del Ebro y sus afluentes, explotando como buen depredador generalista, los huecos dejados quizás por otros.